本实用新型涉及一种双室袋灭菌器循环风机的密封冷却系统，其特征在于包括设置在灭菌器一侧的冷水储水桶、热水收集桶以及开设在灭菌器顶端且位于壳体内部的容水空腔，电机的机轴均穿过容水空腔与灭菌器内部的叶轮连接，容水空腔的一端连接有进水管，另一端连接有出水管，进水管外接压力泵且与冷水储水桶的底端相连通，出水管的尾端外接有第一支管和第二支管，第一支管的管口位于冷水储水桶的上方，第二支管与热水收集桶的顶端相连通，第一支管上设置有第一水温控制开关，第二支管上设置有第二水温控制开关。本实用新型的优点是能够对电机的机轴进行降温，同时能够节约降温过程中所使用的冷却水。