本实用新型提供了一种避免交叉污染的多容纳室授粉装置，包括主筒和套筒，套筒过盈连接在主筒的外表面，主筒的前端设置有空心弹性球，主筒的末端活动连接有数个结构相同的授粉单元，授粉单元为圆管形结构，授粉单元为前端和末端均通过螺旋盖密封，授粉单元内部前端设有圆锥形授粉腔，圆锥形授粉腔的末端设有授粉口，授粉腔外部设有密封盖，每个授粉单元外部均连通有气囊，气囊通向授粉单元内部的密封盖外部。本实用新型授粉装置的长度易于调节，便于操作，方便使用，套筒上设置有气囊，按压气囊的球形部，可以将附着在授粉装置内壁的花粉吹散，方便花粉从出粉口飘出，授粉效果好，授粉效率高。