本实用新型公开了一种海藻糖分离装置，包括分离筒和机架，所述分离筒顶部设有进液口，进液口一端连接有循环水泵，进液口另一端连接有进液槽，进液槽底部通过水管连接有数个色谱分离管，两相邻色谱分离管之间连接有回流管，所述分离筒底部设有出液盘，出液盘下方设有固定盘，所述固定盘两端通过连杆固定在机架上，固定盘上设有数个与出液口对应的回收口，回收口底部设有盖板；所述机架上设有电机，电机的输出轴外套有主动齿轮，主动齿轮连接有从动齿轮，从动齿轮中心通过平键连接有转轴，转轴与色谱分离管之间连接有转盘；采用本实用新型装置，分离效率大大提高，分离过程中海藻糖的损失量也较小，并且节约了水资源。