本实用新型公开了一种用于多肽合成的搅拌器，包括搅拌腔、驱动电机和引流板，所述搅拌腔的顶端开设有进料口，所述搅拌轴的侧壁焊接有固定框，所述毛刷棍的侧壁粘接有母魔术贴，且母魔术贴的侧壁缝合连接有纽扣，所述母魔术贴的外侧配合安装有子魔术贴，所述引流板焊接在搅拌腔的内壁下方，所述出料管的内壁注塑连接有固定块，且固定块的侧壁配合安装有阻隔板，所述阻隔板的顶端套设安装有密封机构。该用于多肽合成的搅拌器中，搅拌叶对搅拌腔内部的多肽原料试剂之间进行充分混合，以利于降低多肽原料试剂之间相互反应的时间，同时搅拌叶为镂空式设计，可避免原料试剂粘附在搅拌叶的表面，使得原料试剂顺利穿过。