本实用新型涉及一种分子泵底盘，包括底座、分水环、隔水套和主轴座，所述底座中心设有通孔，所述底座上设有进水口和出水口，所述进水口与竖直设置在底座内部的上水槽连通，所述隔水套设置在底座上方，所述隔水套的中心竖直设有安装孔，所述隔水套的外侧上部设有螺旋水槽，所述主轴座套装在隔水套的外围，所述分水环设置在主轴座与隔水套之间，所述主轴座的内壁上竖直设有冷却槽，所述冷却槽的底部通过隔水套上竖直设置的开槽与上水槽连通，所述螺旋水槽的底部开口通过竖直设置在隔水套内的回水槽与出水口连通，本实用新型设有隔水套，隔水套上设有螺旋水槽，利用螺旋水槽充分冷却，从上到下依次冷却位于不同位置的部件，冷却时间长效果好。