本实用新型提供一种蓝藻处理综合利用系统，包括贮藻池、溶药加药单元、浅层离子气浮单元、藻泥浓缩池、压榨脱水单元和藻泥有机肥发酵单元，贮藻池的蓝藻出口和溶药加药单元的出药口连接至浅层离子气浮单元的入口，浅层离子气浮单元的入口还通过PAM加药泵连接有PAM助凝剂，经过浅层离子气浮单元澄清出的清水出水连接至清水池的入口并收集；经过浅层离子气浮单元分离出的蓝藻浓缩液通过藻泥混凝搅拌池后经过高压提升泵传输至藻泥浓缩池。本实用新型采用蓝藻收集贮存，通过浅层离子气浮进行藻水分离，然后藻泥进入压榨脱水单元，压榨脱水产生的藻泥经过有机堆肥发酵稳定后，最终有机肥外运资源化利用。