本实用新型公开了一种脱硫废水处理系统，包括通过溢流槽依次连接的预沉淀池、重金属深度沉淀池、絮凝池、氨氮沉淀池和pH调节池，所述预沉淀池上设有石灰加药箱，所述重金属深度沉淀池上设有有机硫加药罐，所述絮凝池上设有絮凝液罐，所述氨氮沉淀池上设有碱液罐和磷酸盐加药罐，所述pH调节池上设有酸液罐，所述预沉淀池、重金属深度沉淀池和氨氮沉淀池底部均设有污泥收集斗，所述污泥收集斗底部设有污泥收集管道，所述污泥收集管道上设有污泥泵，所述污泥泵出口管设有过滤器，通过在原有的脱硫废水处理系统上增设了氨氮沉淀池，通过在氨氮沉淀池内添加磷酸盐和碱液，同时除去了废水中的氨氮和镁离子，使得处理后的水达到可排放标准。