本实用新型公开了一种河道断头面源污染控制系统，该系统设置于河道断头处，包括稳定塘和生物滞留池，生物滞留池设置于稳定塘下游位置的下层且毗邻河道，通过生物滞留池底部的出水管对外输出净化水至河道终端水体。本实用新型将稳定塘和生物滞留池联合使用，拦截悬浮物，减轻生物滞留池的堵塞，并且集景观植物、水生植物、微生物、滤料为一体，通过拦截、吸附、降解等多重作用削减污染物，提高脱氮除磷效果，降低运维成本，有效的控制了面源污染，降低入河污染物，再利用河道断头空间，在河道与稳定塘之间布设水循环，定期将河道水体泵入生态塘中，进行治水活水，有效的解决断头河道活水问题，提高了断头浜水体自净能力，维系水生态系统。