本实用新型公开了一种用于生物制药的高效分离纯化多层过滤装置，包括过滤箱，所述过滤箱内腔的顶部固定安装有过滤筒，所述过滤筒的底部活动套接有传动机构，传动机构的外部从上到下分别螺纹套接有一级过滤套和二级过滤套，一级过滤套的底部通过挡块与二级过滤套的顶部相接触，且一级过滤套的顶部螺纹套接有活动盖，一级过滤套和二级过滤套的底部均开设有过滤孔。本实用新型通过设置传动机构、一级过滤套、二级过滤套和过滤器，可以在生物制药的过程中，对药液进行多级过滤，使得药液中的杂质能够根据颗粒的大小逐步进行分离，避免了传统一次性过滤时无法分离彻底的问题，提高了药液过滤的效果，从而保证了药液过滤后的纯度。