本实用新型公开一种建筑物种植顶板变形缝结构，包括：第一顶板、第二顶板、第一结构梁和第二结构梁，第二结构梁一侧延伸有底板和与底板连接的侧板，侧板与第一顶板之间以及侧板与第一结构梁之间分别具有间隙，间隙内设密封件，第二结构梁、底板以及侧板之间形成排水沟，底板连接排水管；防水部件，包括位于第一顶板和第二顶板上表面的第一防水部以及位于变形缝内壁的第二防水部，第一防水部与第二防水部一体连接；挡土部件，为向上凸的迂回结构，两端分别通过锁紧密封件与一防水部密封连接；由下向上依次设于第一防水部和挡土部件上的碎石疏水层、过滤层和种植土层。本实用新型可提高变形缝的防水性能，并能有效保持种植顶层生态系统的连续性。