本实用新型公开一种双药箱高净水率次氯酸钠消毒装置，包括底座，所述底座上的一侧设有盐水桶，且底座上的另一侧设有储存桶，所述底座上方的中间位置处设有工作台，所述盐水桶的一侧连通有进液管，且进液管的输入端设有进液泵，所述工作台的顶部设有整流柜，且工作台的中间和下方均处设有隔仓，中间的所述隔仓内设有电解槽，下方的所述隔仓内设有第一水泵和第二水泵；本实用新型只需要两个桶：盐水桶和储存桶，将盐水桶的食盐水通入电解槽中，利用电极发生电化学反应生成次氯酸钠溶液，再排入储存桶中储存，同时，将一部分次氯酸钠溶液在通水管，与污水充分混合后进行消毒，该装置结构简单，制造成本低，占地面积小。