本实用新型公开了一种琼脂糖凝胶电泳制胶系统，涉及生物器械技术领域。所述琼脂糖凝胶电泳制胶系统包括可调式挡板，制胶板，冷却装置；制胶板和冷却装置为方形凹槽结构；制胶板通过支撑部放置于冷却装置内，其底部与冷却装置凹槽底部形成冷却室；制胶板凹槽内壁上相对设置有卡槽；可调式挡板可装在卡槽上；制胶板凹槽内壁上和卡槽下面分别设置有刻度线，制胶板凹槽底部设置有凸起，凸起与底部一体成型且为多个，凸起沿一条平行于制胶板凹槽前后壁的直线均布设置；冷却装置设置有出水口。本实用新型将梳子和制胶板固定在一起，胶孔整齐且使用方便；底部设置有冷却装置，用于冷却凝胶溶液，提高制胶效率，防止制胶板因高温变形。