本实用新型公开了一种琼脂糖凝胶电泳定位装置，包括翻盖，还包括定位板；所述翻盖用于封闭电泳槽体的开口端，所述翻盖中部设有双开门，所述双开门包括两扇用透明材料制成的观测门，所述观测门可朝电泳槽体一侧旋转打开，两个所述观测门打开的角度小于90度；两个所述观测门的上侧均带有沿所述观测门旋转轴线方向设置的凸条，两个所述凸条上用于放置定位板；所述定位板上均布有多个和点样孔相对应的定位孔，每个所述定位孔处均带有和定位枪的枪头尺寸相匹配的放置槽，所述放置槽两端相互贯通，所述定位枪的枪头用于放入放置槽中并进行点样；采用本方案，通过定位板能精准找到定位孔，并能承载定位枪的枪头，防止点样枪的枪头过于深入琼脂糖凝胶。