本实用新型涉及土壤呼吸测量工具技术领域，具体为一种用于测量土壤呼吸的隔离装置，包括若干个隔离室，各隔离室包括两端开口的PVC管，还包括若干个可对流的对流单元和与各对流单元相应的第一滤网，各对流单元开设在相应的各PVC管的侧壁上，各对流单元被相应的各第一滤网覆盖，各PVC管的底端设有与其密封连接的底板，各底板上开设有至少一个透孔，各透孔被相应的第二滤网覆盖，底板和第二滤网可将特定微生物阻挡在隔离室之外，避免现有异养呼吸环底部不闭合导致土壤微生物进入，而对碳通量测量数据造成影响，且各隔离室可区分土壤中各组分、量化各组分的呼吸量。