本实用新型提供了一种高速风机轴系结构，包括水平设置的电机主轴和设置在电机主轴上的旋转部分；在电机主轴上设有轴肩和三组定位台阶；所述旋转部分包括锁紧单元、叶轮单元、衬套单元、轴承单元、端环单元以及铜转子，所述铜转子套设在电机主轴上且通过轴肩定位；所述旋转部分还包括平衡套单元，所述平衡套单元用于在高速风机轴系动平衡时替代叶轮单元，本实用新型的高速风机轴系结构结构简单、工艺可靠且能够有效解决现有技术中存在的电机主轴与叶轮单元连接后在高速下的接触刚度不足或动平衡失效引起的振动加剧问题。