本实用新型公开了一种高温无菌软管灌装封尾设备的灌装系统，包括：料筒；以及旋转阀，其固定连接在所述料筒的下部，所述旋转阀的两端分别外伸出控制轴；第一旋转杆，其一端与所述旋转阀的控制轴一端相连接；第二旋转杆，其一端与所述旋转阀的控制轴另一端相连接；旋转阀气缸，其与所述第一旋转杆的另一端相连接；连接管道，其为丁字形管道，并且其一端固定连接在所述旋转阀的输出端，所述连接管道的另一端具有第一工位和第二工位；灌装头，其与所述连接管道的第一工位相连接；断尾气缸，其设置在连接管道的第二工位；断尾头，其与所述灌装头的外侧铰接，并且所述断尾头与所述断尾气缸的输出端相连接。本实用新型具有操作简单和价格低廉等特点。