本实用新型揭示一种病理切片扫描仪的定位结构，包括空心板，空心板内腔的底部固定连接有电磁吸铁石，空心板内腔中央的左右两侧均固定连接有固定杆，固定杆远离空心板内腔的一侧固定连接有空心块，空心块内腔底部的中央固定连接有齿条，空心板顶部的中央开设有滑槽。本实用新型通过固定杆与空心块之间的结构设计，能够使齿条可以位于齿轮的底部且与齿轮相互啮合，同时再通过马达与齿轮之间的结构设计，能够使马达可以带动齿轮进行旋转，使马达可以带动活动板在空心板上进行前后移动，同时通过红外线照射灯的结构设计，能够使工作人员在昏暗的环境下精确的判断出病理组织与刀片之间的位置，从而达到更加精确定位的目的。