本实用公开了一种采用显微光路结构光源的病理切片扫描仪，包括平行光源，所述平行光源的发光面尺寸大于病理切片的组织区域；光路系统，所述光路系统设置于所述平行光源上方；三维运动模组，用于安装并带动所述光路系统在X轴、Y轴、Z轴方向上运动。本技术方案采用大面积的平行光源作为显微光路结构系统的照明光源，在对图像质量要求不是太高的情况下，可以省掉光源伴随移动的动作及连接杆，大量节省仪器内部结构。本产品可以非常方便地应用在以流水线形式进行病理切片扫描的场合，可以减轻结构的复杂程度，方便快速地模块化应用。