本实用新型适用于微生物菌种培养技术领域，一种复合微生物菌种培养摇床，包括壳体组件、培育组件和抽风组件，所述壳体组件包括基座、连接杆、气缸、箱体、盖体和箱门，所述基座的下方设置有所述连接杆，所述连接杆的下方设置有所述气缸，所述基座的顶端设置有所述箱体，所述箱体的上表面设置有所述盖体，所述箱体上设置有所述箱门；通过设置两组气缸由连接杆带动基座做上下运动，从而使得箱体产生晃动，且晃动幅度始终如一；通过设置定位销通过插槽插在滑槽的入口处，使得晃动时，盘体不会发生脱离侧翻的现象，本实用装置可以均匀地控制摇摆的幅度和盘体的稳定性，从而提高了培育的质量。