本实用新型公开了一种显微拉曼光谱仪，包括激发光光源，激发光光源下端连接有光纤探头，光纤探头通过控制左右运动微操系统连接微操系统，微操系统上设置有控制上下运动微操系统，光纤探头伸入光屏蔽外壳内，光屏蔽外壳内设置有用于放置细胞质的培养皿，培养皿下方为倒置成像器，倒置成像器的下方连接拉曼光谱仪。样倒置成像器上还连接有移动控制系统。通过收集微区如单个细胞水平的拉曼光谱来检测微区，如单个细胞里面的物质成份，可无损获得整个单细胞的化学物质指纹图谱，从而迅速识别活体单细胞的种系发生、生理特性和代谢产物变化等，因此对于难培养微生物的功能鉴定和资源开发具有重要意义。