本实用新型公开了一种实时原位生物样本检测仪，包括Y型光纤，Y型光纤上端的两根叉型的光纤分别为光源信号输入端和反射信号输出端，光源信号输入端连接光源，反射信号输出端连接信号检测器，Y型光纤下端的光纤端面对待检测样品，信号检测器上连接倒置显微镜。通过Y型光纤结构，光源信号输入端导入激发光到样品检测区，激发光激发出的发射光信号通过该光纤回传到反射信号输出端并接入检测器进行信号检测，实现实时原位检测的功能。