本实用新型公开了一种高效的无菌动物运输隔离器，包括运输架,运输架的底部固定安装有风机，操作台上通过软包固定条安装有正压软包，正压软包的背面安装有传递仓，传递仓的底部通过安装有支架支撑在操作台上，传递仓两侧的操作台上对称安装有进风高效空气过滤器和出风高效空气过滤器，进风高效空气过滤器的进风口通过进风管与风机连通，出风口通过风道与正压软包连通，出风高效空气过滤器的进风口通过风道与正压软包连接，出风口安装有排风管，手套接口上均安装有用于拿取动物及物品的手套，正压软包正面的一角开设有喷酸孔。本实用新型可过滤大多数微生物、病毒、有机物及无机物，方便拆卸安装及二次利用，提高运输效率，供电方式更多。