本实用新型提出了一种高效含水层直接取水系统，包括发射井、接收井、与发射井和接收井连通的输水巷道、以及从发射井或接收井或输水巷道中取水的泵站；输水巷道全部或部分设置在含水层中，或输水巷道贯通含水层；输水巷道设置在含水层的部分全部或者节段性为取水过滤器。潜流水下渗，穿过天然滤床泥膜层、含水层和输水巷道的取水过滤器，而进入输水巷道内部，然后再储存在发射井或接收井中，由泵站输送出去；输水巷道不仅具有储水、输水的作用，还具有取水的作用。该取水系统利用输水巷道在含水层中直接取水，相比现有技术中设置具有渗滤孔群的汇水硐室相比，系统结构简单，取水效率高。