本实用新型公开了一种CCD荧光自动扫描仪的调焦结构，包括图像机构和调焦机构，图像机构的右端与调焦机构的左端连接，图像机构由CCD相机、镜头、生物芯片、载物台和激发光源组成，调焦机构的外部设置有外壳，外壳的内壁通过转轴转动套接有第一齿轮、第一传动轮、第二齿轮和第二传动轮，外壳的内壁中部转动连接有主轴，主轴上套接有第一升降齿轮和第二升降齿轮，两者之间设置有转动套，转动套与主轴之间为转动连接，转动套的右端连接有连接杆，连接杆的右端连接有限位柱，限位柱的右端连接有滑动触头，外壳的内壁右侧上下端转动连接有端面凸轮。该CCD荧光自动扫描仪的调焦结构设置有粗准焦调节和细准焦调节，焦距调节更加迅速也更加精准。