本实用新型实施例公开了一种除硝酸盐反应器，该除硝酸盐反应器包括反应器本体、微米膜组件、吸附有脱氮硫杆菌的活性炭层、进水口、排水口、氢气输入口和排气阀；所述进水口和氢气输入口设置于所述反应器本体的下部，所述排水口设置于所述反应器本体的上部，所述排气阀设置于所述反应器本体的顶部开口；所述微米膜组件为多组且分别设置于所述反应器本体内不同高度处，每组所述微米膜组件表面均负载有所述吸附有脱氮硫杆菌的活性炭层。本实用新型除硝酸盐反应器在微米膜组件负载有脱氮硫杆菌的活性炭层，使得脱氮硫杆菌能够反硝化水中的硝酸盐以去除硝酸盐，不同高度水体中的硝酸盐能同时被脱氮硫杆菌净化，硝酸盐脱除功效高。