本实用新型公开了一种信号采集子卡工作系统，包括FMC载卡模块以及与载卡模块连接的子板模块，子板模块包括有源晶振、与有源晶振连接的时钟发生器、与时钟发生器连接的至少一个ADC芯片以及分别与ADC芯片和时钟发生器连接的FMC连接器插头，FMC载卡模块包括与FMC连接器插头相对应可插拔连接的FMC连接器插座以及与FMC连接器插座连接的FPGA芯片，ADC芯片依次通过FMC连接器插头和FMC连接器插座与FPGA芯片；使用国产的ADC芯片作为数据采集的核心，有效解决高速、高精度数据采集装备自主可控问题，采用FMC子板的形式来实现高速、高精度数据采集模块，在性能升级上具有很大的灵活性，大幅度降低硬件开发成本，同时也缩短硬件开发周期。