本实用新型公开了一种生物医疗用器具清洗消毒装置，包括控制器机壳、清洁刷头本体、硅胶层、硅胶棒、消毒池、废水箱和消毒装置外壳，消毒装置外壳的左侧上部固定连接有控制器机壳，密封盖通过密封防水轴承与清洁刷头本体转动连接，清洁刷头本体下方对应设置有消毒池，消毒池的内壁上固定连接有硅胶层，消毒池的下部固定连接有硅胶棒，消毒池的下方设置有废水箱，废水箱的内壁上固定连接有加热管。本实用新型解决了医疗器具进行清洗消毒后，会产生大量有害的医疗污水，不经处理排放后会污染地下水源，同时传播疾病危害人体健康，以及对医疗器具进行清洗时，医疗器具容易与消毒池的内壁发生碰撞，进而导致医疗器具出现损毁的问题。