本实用新型公开了一种生物制药用分层粉碎装置，包括粉碎箱体，所述粉碎箱体的上表面中部设置有第一转动驱动装置，所述第一转动驱动装置的驱动端设置有转动杆，制药的原料通过进料口加入到粉碎箱体中，首先进行第一层粉碎：第一转动驱动装置驱动转动杆进行高速转动，从而带动螺旋设置在转动杆外壁上的粉碎刀片转动，粉碎刀片能够将原料进行初步的切割粉碎，随即原料进行第二层粉碎：第二转动驱动装置驱动转动轴带动粉碎辊转动，且相邻的粉碎辊上的粉粹齿相互啮合，能够使原料彻底的进行粉碎，保证了原料的粉碎效果，能够提高原料的粉碎效率。通过设置鼓风机能够将粉碎辊上残留的原料吹落至出料槽中，可以避免原料的浪费，能够节约生产成本。