本实用新型公开了一种穿梭车定位系统，包括横向运行双轨、编码轨道和穿梭车，编码轨道平行于横向运行双轨，横向运行双轨内侧区域沿轨道方向设有至少一个定位装置，穿梭车的一侧底部设有角度编码器和位置接近开关；角度编码器与编码轨道配合，计算穿梭车运行位置；位置接近开关与定位装置配合，定位穿梭车至指定工位。本实用新型可实现穿梭车的自动定位功能，尤其适用于来回往复运动，需要精准定位的运动小车。通过对编码器进行自动校准规正操作，消除累计误差，防止因为累计误差导致的定位不准确。本实用新型增加标准位置指示装置，不再单一的依靠编码器作为位置指示机构，对穿梭车定位进行冗余保护，防止错位导致的损坏。