本实用新型涉及微生物检测领域，尤其是一种微生物浓度检测系统。包括处理器、高效过滤器、微生物质量浓度采集机构、微生物数量浓度采集机构、流量计和泵，所述高效过滤器通过三通电磁阀与微生物质量浓度采集机构的进气口连接，从微生物质量浓度采集机构的出气口流出的气体，一部分通过管路直接流出，该管路上设有流量计Ⅰ和泵Ⅰ，另一部分直接流入微生物数量浓度采集机构的进气口，在与微生物数量浓度采集机构的出气口连接的管路上设有流量计Ⅱ和泵Ⅱ，微生物质量浓度采集机构、微生物数量浓度采集机构、流量计和泵均与处理器电连接。其结构简单，重量轻，便于移动和布置，稳定可靠，灵敏度高，最终得到的检测结果准确性高。