本实用新型涉及瓦楞纸箱印刷设备领域，尤其是一种瓦楞纸箱印刷系统，包括控制装置、编码识别装置、无版印刷机、上料输送带、下料输送带、多个上料架、移料机械手以及下料架，控制装置包括控制器以及与控制器电性连接的工控机，上料架朝向上料输送带的一侧批次编码，编码识别装置设置在上料输送带上料端且用于识别与上料输送带上料端对应的上料架的批次编码，下料架设置在下料输送带下料端。本实用新型的瓦楞纸印刷系统通过编码识别装置能够识别出要上料的上料架的批次编码，使控制器能够自动获取瓦楞纸箱的印刷批次信息，并能够根据瓦楞纸箱的印刷批次信息相对地改变无版印刷机的输出版式，提高瓦楞纸箱的印刷效率。