一种新型的微生物燃料电池耦合氧化深塘系统，包括氧化深塘和微生物燃料电池装置；氧化深塘一共设置有四个区域，从上而下依次为：复氧区、兼氧区、好氧区以及厌氧区，进水口开设在厌氧区，出水口开设在复氧区，同时氧化深塘内还设置有水生植物和生化处理单元，水生植物位于复氧区，生化处理单元位于好氧区和厌氧区；微生物燃料电池装置包括阴极和阳极，阴极位于好氧区，阳极位于厌氧区，同时阴极和阳极通过线路连接，组成通电回路；本实用新型的特点在于将微生物燃料电池和氧化深塘巧妙结合，通过氧化深塘来为微生物燃料电池构建较好的条件，提高微生物燃料电池的产电效果，具有强化去污效果，减少污泥累积，延长清淤周期等特点。