本实用新型公开了一种整玻片多光路高通量病理切片扫描仪，它包括由两套卤钨灯光源、聚光镜组、电动载物台、物镜、变焦透镜、直角反射镜组成的对称双光路、载玻片托盘、磁吸、载玻片、成像透镜、滤光单元、双面旋转反射镜、载玻片托盘入口、载物台x电机、载物台y电机、LED面阵光源、整玻片成像透镜组、整玻片成像探测器、灰度扫描成像探测器、彩色扫描相机、相机连接支架、旋转镜驱动器、变焦控制器、滤光单元控制器、采集和控制单元、电源、系统外壳、光路外壳及接口。本实用新型通过双光路同时成像实现了病理样本彩色和多波段影像数据的高通量采集，可以提供病理样本多维度影像数据源。