本实用新型公开了一种无人船采样系统，包括无人船和用于供无人船停靠的浮动船坞，浮动船坞固定在水岸边；无人船上设有连接蓄电池组的充电机构；浮动船坞设有供无人船停靠的泊船位，泊船位设置有与站房电源连接的充电桩，所述泊船位设置有与站房电源连接的充电桩，所述充电桩的底端固定在浮动船坞上，所述充电桩的顶端悬置于所述泊船位的上方，且与所述无人船的充电机构可电性连接。本实用新型的无人船采样系统便于实现无人船充电过程的无人化，自动化程度大大提高，解放了劳动力，提高了工作效率。