本实用新型公开了一种阵列透射式显微图像采集系统，包括显微摄像模组阵列、接收端、样品台和激发光源，所述显微摄像模组阵列位于样品台的正上方，所述激发光源位于所述样品台的下方；所述显微摄像模组阵列包括成阵列分布的多个显微摄像模块，每一所述显微摄像模块皆包括第一透镜组、第二透镜组和图像传感器，所述第一透镜组和所述第二透镜组对称设置，所述第一透镜组位于所述第二透镜组和所述样品台之间，所述第二透镜组位于所述第一透镜组和所述图像传感器之间，所述图像传感器与所述接收端电性连接。本实用新型能够同时采集大面积平面透明样品的多个区域，提高检测速度，适用于蓝宝石显微、生物芯片、蛋白质芯片以及薄生物样品等透明样品高通量检测。