本实用新型公开了一种生物柴油脱臭系统，包括用于接收粗甲酯暂存罐中粗甲酯的脱酸塔、衔接设置在脱酸塔出料口处的多级脱臭塔以及与多级脱臭塔出料口相连通的蒸馏塔，脱酸塔进料口与粗甲酯暂存罐出料口之间依次连接设置有油泵和第一换热器，所述脱酸塔用于将粗甲酯中的轻组份与粗甲酯分离；多级脱臭塔顶部的进料口与脱酸塔底部的出料口相连通，多级脱臭塔内的塔内温度高于脱酸塔；蒸馏塔用于将粗甲酯中的生物柴油和植物沥青进行分离，蒸馏塔底部具有供呈液相的植物沥青排出的出料口且出料口处连通有植物沥青罐，蒸馏塔的顶部具有用于收集气相的生物柴油的生物柴油罐。本实用新型对粗甲酯中轻组份和臭味气体进行消除，而且脱臭效果好，得油率高。