本实用新型提供一种玻片盒输送装置及细胞分析设备，其中，玻片盒输送装置包括机架、设置在机架一端的水平驱动电机、由水平驱动电机驱动转动的主动带轮和设置在机架另一端的从动带轮，在主动带轮和从动带轮上绕设有水平同步带，所述水平同步带连接有一个用于支撑连接玻片盒的支撑座，所述支撑座通过直线导轨副与机架相连接；还提供一种细胞分析设备，包括所述玻片盒输送装置和二轴运动机械手，所述玻片盒输送装置输送待检测的玻片盒到应对二轴运动机械手的取样装置处，取样装置伸进玻片盒取玻片或者放置玻片，减少取样装置的在Y轴方向的运动，提高整个设备的工作效率，降低机械手的复杂度，从而减少整个设备的故障概率。