本实用新型公开了一种二次酶解法制备肝素钠装置，属于肝素钠制备领域，一种二次酶解法制备肝素钠装置，包括外壳，外壳的侧端开凿有矩形孔，矩形孔内安装有透明板，外壳靠近透明板一侧的内壁上固定连接有电机箱，电机箱的内侧放置有伸缩电机，伸缩电机的输出端固定连接有伸缩轴，伸缩轴贯穿电机箱的侧壁并固定连接有活动块，活动块上开凿有安装孔，安装孔内插设有特制通液管，特制通液管的下端固定连接有吸液头，特制通液管的外端螺纹连接有螺环，且螺环位于活动块的下侧，电机箱的侧端固定连接有定位板，特制通液管远离吸液头的一端贯穿定位板并延伸至外壳外侧，可以实现使固液分离效果更好，提高肝素钠的提取率。