本实用新型提供一种反无人机探测跟踪干扰系统，包括探测雷达、光电跟踪系统、无人机干扰器和云台；光电跟踪系统包括运动检测算法模块、相关滤波目标跟踪算法模块、深度学习目标检测算法模块和深度学习目标跟踪算法模块；探测雷达与所述光电跟踪系统通讯连接；光电跟踪系统与所述云台通讯连接。该反无人机探测跟踪干扰系统，当目标距离较远，深度学习目标检测算法模块提取不到目标特征，用运动检测算法模块来进行目标检测；当目标距离较远，深度学习目标跟踪算法模块提取不到目标特征的情况下，采用相关滤波目标跟踪算法模块来进行目标跟踪；采用相关滤波目标跟踪算法模块的数据解决深度学习目标跟踪算法模块不能提供置信度的问题。