本实用新型公开了一种全自动复合菌种的微生物载体制备机，涉及微生物技术领域，具体为一种全自动复合菌种的微生物载体制备机，包括支撑腿，所述支撑腿的顶部安装有塑形室，所述塑形室的内部设置有主滚筒，所述主滚筒的表面设置有模具，所述主滚筒的中部固定套接有中心轴，所述中心轴的表面通过皮带盘活动套接有第三皮带，所述塑形室的顶部固定连接有搅拌室。该全自动复合菌种的微生物载体制备机，通过粉碎室、筛分室、搅拌室和塑形室的配合使用，分别对原料进行粉碎、筛分、搅拌和塑形，免去了工人对原料进行分步处理，减少了人员的使用，提高了微生物载体的生产效率，降低了生产成本。