本实用新型是有关一种发酵装置，尤其是一种复合菌液的扩培整合发酵系统。所述复合菌液的扩培整合发酵系统，包括一菌液扩培装置、一输液装置及一发酵装置。菌液扩培装置包括至少两个培养槽、至少两个扩培槽及一混合槽，至少两个培养槽分别选择性地与至少两个扩培槽相通，至少两个扩培槽分别选择性地与混合槽相通。输液装置连接于混合槽和发酵装置的一滚筒槽之间。藉此，本实用新型提供全自动大量扩培用菌、输送菌液和进行发酵，达到一次大量生产发酵制品，可制作出多种风味的发酵制品，无须投入大量的人工操作管控，降低人工成本及对于人工经验的依赖性，让使用者轻易掌控扩培制菌和发酵制程，使得发酵制品的质量控管更容易。