本实用新型公开了一种自动化显微镜检测装置，包括底座，所述底座上设置有二维运动平台，所述二维运动平台包括第一驱动源、第二驱动源、第一平台和第二平台，所述第一驱动源驱动第一平台水平移动，所述第二驱动源固定设置在第一平台的上侧，所述第二驱动源驱动第二平台水平移动，所述第一平台的运动方向与第二平台的运动方向垂直；所述第二平台上贯穿开设有第一凹槽，所述第一凹槽内固定设置有载物台，所述底座上设置有支架，所述支架上设置有竖直运动组件，所述竖直运动组件包括上下运动的第一滑块，所述第一滑块上设置有安装架和相机。其能够自动调节样品的位置及镜头的高度，稳定性好。