本实用新型公开了一种屋面采光通风器防水结构，包括透气筒，所述透气筒的顶部依次设置有第二通风罩和第一通风罩，且第一通风罩和第二通风罩均呈穹顶式结构，并且第二通风罩与第一通风罩之间滑动连接，所述第一通风罩上开设有多个第一通槽。本实用新型中，驱动电机通过转轴传动第一通风罩进行转动，使其第一通槽和第二通槽之间重叠，从而使得底部的气流可以直接通过通槽向外部进行输出，启动驱动电机进行转动，传动第一通风罩转动一定的角度，使得第一通槽和第二通槽之间不重叠，由于第一通风罩底部的隔水条与第二通风罩上端面之间贴合，从而使得通过第一通风槽的水流沿隔水条从第二通风罩顶部流下，以实现其防水的效果。