本实用新型公开一种用于连作土壤病害机理研究的根际取样装置，涉及根际土壤取样技术领域，箱体的一侧设置有安装口，根际观察板可拆卸地安装于安装口上，根室隔板设置于箱体内并将箱体分隔为第一根室和第二根室；根室隔板上部设置有用于安装隔根板的安装槽，安装槽上表面设置有多个第一凹槽，隔根板下表面设置有多个第二凹槽，相对应的第一凹槽与第二凹槽形成一个导根孔，各导根板可拆卸地安装于一个第一凹槽的下方，且导根板安装于根室隔板靠近根际观察板的一侧，根际取样器包括多个平行设置的切割刀片。该装置能够精准定位发病根际区并实现根系、根际土、非根际土的同步取样研究。