本实用新型公开了一种高真空方法兰金属密封结构，包括第一法兰、第二法兰、定位组件、金属密封圈和连接件；所述第一法兰密封侧四个角设均有安装孔，安装孔底部形成螺纹孔；所述定位组件包括螺栓、弹簧和定位销；定位销通过螺栓安装在第一法兰安装孔底部的螺纹孔内；所述定位销与第一法兰安装孔孔壁之间设有弹簧；所述金属密封圈弯曲为方形，套在第一法兰四角安装的定位组件中的定位销上；所述第一法兰和第二法兰通过连接件紧固。本实用新型采用铝金属密封圈，能够烘烤加热至约350℃，达到高真空要求；本实用新型的法兰均为平法兰，无凸台等定位结构，方便加工；本实用新型的定位组件具有伸缩功能，安装时能提供定位功能，密封时缩回，不影响真空密封。