本实用新型属于微流控芯片发光免疫检测技术领域，尤其涉及一种磁微粒发光双层微流控芯片以及检测系统。芯片包括顶板和底板，顶板包括加样部、标记配体存储部和样本混合区，样本混合区分别与加样部与标记配体存储部相互连通；底板包括导流区、磁颗粒包被部、清洗区、检测区和清洗液存储部，导流区内部设有高度低于磁颗粒包被部底璧的凹槽以及设在凹槽上并连接磁颗粒包被部的导流部。样本从加样部进入，在样本混合区与标记配体相互混合，再进入导流区的凹槽，需通过毛细作用才能够吸走凹槽中的样本，并且由于截断槽和阻断部的作用，样本只能从导流部进入磁颗粒包被部，再与磁颗粒配体混合反应，并在清洗区清洗之后，在检测区实现发光检测。