本实用新型公开了一种菌种截留器，包括截留器本体，截留器本体包括切向进料管、旋流管及与旋流管下端连接，且向下渐缩的锥形筒体，旋流管和锥形筒体内形成物料分离腔体，锥形筒体的底端设有菌种排出口，切向进料管的出料端沿旋流管切向设置，旋流管的顶端设有污泥排出口，切向进料管的出料端设置在旋流管的侧壁上，切向进料管、菌种排出口和污泥排出口均与物料分离腔体连通。由于截留器本体利用了不同生物菌种的密度差异，通过离心重力分离的原理实现菌种筛选，进入的污泥一个切向力，污泥在旋流管内高速旋转，因密度差异不同的菌种得以分离，进而将大部分菌种分离后使用，有效地减少了污泥中菌种的流失。