本实用新型提供了一种污染土壤生物修复系统，其包括：空气注入机构、空气处理机构、注气井、抽气井和抽气机构，污染土壤的一侧设置有至少一个注气井，注气井上设置多个通孔，通孔沿注气井的周向设置，空气注入机构密闭连接注气井，污染土壤的另一侧设置有至少一个抽气井，抽气机构的一端连接于抽气井，抽气机构的另一端固定连接空气处理机构，污染土壤地表上栽种有至少一种植物，至少一种植物用于吸收污染土壤中的污染物。本实用新型相较于现有技术可以用有效的解决工期长，造价高的问题，还能达到提高土壤的自净能力，避免二次污染的效果。