本实用新型的目的是一种样品自动过滤系统，包括过滤箱、微型计算机和中央控制器，所述的过滤箱的正中央竖直设有过滤管道，所述的过滤管道正上方设有样品入口，过滤管道正下方设有样品出口，且样品出口处设有样品收集箱，所述的过滤箱内的过滤管道处设有可多级自动过滤的多级过滤装置，所述的微型计算机和中央控制器与多级过滤装置相互连接构成可样品自动过滤的过滤系统，所述的微型计算机的输出端通过导线与中央控制器的输入端连接，所述的中央控制器的输出端分别通过导线与驱动电机连接，能够实现自动智能的对过滤精度进行调节，能够在同一个过滤装置下满足多级不同过滤精度的要求，能够有效的提高精度要求的适用范围。