本实用新型公开微流控细胞计数光学系统，包括微流控芯片，所述微流控芯片设有检测流道，还包括：激光光源、柱面镜、二向色镜和光电转换器；激光光源通过柱面镜聚焦成光斑呈条形的第一出射光，第一出射光通过二向色镜的全反射发送到微控流细胞芯片的检测通道，对荧光细胞进行检测，第一出射光照射荧光细胞使其发出荧光，荧光经过二向色镜透射至光电转换器，光电转换器将荧光信号转换为电信号实现计数；因此，微流控芯片反复插装导致的检测区域位置不一致时，条形光斑仍然可以正确照射在微流控芯片的检测区域，保证细胞完全落在条形光斑内，实现荧光细胞的精准计数。本实用新型可用于对微流控芯片中荧光细胞的计数。